АЛГОРИТМЫ BIOPYTHON
Аннотация
Проведен обзор по алгоритмам биоинформатики на BioPython. Рассмотрены основные задачи биоинформатики и алгоритмы c примерами на Python: алгоритм по обработке последовательностей ДНК, поиск паттернов, алгоритм множественного выравнивания последовательностей, алгоритмы филогенетического анализа граф де Брёйна. Показана основная обработка биологических последовательностей в качестве реализации процессов, связанных с экспрессией генов, включая транскрипцию, трансляцию и идентификацию открытых рамок считывания. А также рассмотрена возможность вычислять частоту различных символов в последовательностях. Определена потенциальная сложность некоторых алгоритмов, что показывает важность этих алгоритмов и потенциал проблем. Рассмотрены скрытые марковские модели, графы и биологические сети.
Об авторах
Б. С. Амирханов
Институт информационных и вычислительных технологий КН МОН РК
Казахстан
Казахстан
докторант
Б. Р. Жолмагамбетова
Евразийский Национальный университет им. Л.Н. Гумилева
Казахстан
Казахстан
докторант
Ш. А. Джомартова
Институт информационных и вычислительных технологий КН МОН РК; Казахский Национальный университет им. аль-Фараби
Казахстан
Казахстан
д.т.н., профессор
Т. С. Шорманов
Казахский Национальный университет им. аль-Фараби
Казахстан
Казахстан
докторант
Список литературы
1. S.L. Salzberg, D.B. Searls, S. Kasif. Computational Methods in Molecular Biology. – Elsevier Science, 1998. – 368 c.
2. Cock P.J., Antao T., Chang J.T., Chapman B.A., Cox C.J., Dalke A., Friedberg I., Hamelryck T., Kauff F., Wilczynski B., de Hoon M.J. Biopython: freely available python tools for computational molecular biology and bioinformatics. – Bioinformatics, 2009.
3. Jeff Chang, Brad Chapman, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Michiel de Hoon, Peter Cock, Tiago Antao, Eric Talevich, Bartek Wilczyński. Biopython Tutorial and Cookbook. Last Update – 6 November 2019 (Biopython 1.75) http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html.
4. Miguel Rocha, Pedro G. Ferreira. Bioinformatics Algorithms. Design and Implementation in Python. – Academic Press is an imprint of Elsevier,2018. – 400 р.
5. B. Alberts, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, P. Walter. Molecular Biology of the Cell, 4th edition.– Garland Science, New York, USA, 2002.
6. S.Bassi,Python for bioinformatics,2th edition. – CHAPMAN & HALL/CRC,Mathematical and Computational Biology Series, 2017. – 424 р.
7. Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, David J. Lipman. Gapped blast and psi-blast: a new generation of protein database search programs, Nucleic Acids Research,1997.
8. R. Andersson, et al. An atlas of active enhancers across human cell types and tissues, Nature 507 (Mar 2014).–Р.455-461.
9. Lawrence R. Rabiner. A tutorial on hidden Markov models and selected applications in speech recognition // Proceedings of the IEEE, 1989.- Р. 257–286.
Рецензия
Для цитирования:
Амирханов Б.С., Жолмагамбетова Б.Р., Джомартова Ш.А., Шорманов Т.С. АЛГОРИТМЫ BIOPYTHON. Вестник Казахстанско-Британского технического университета. 2020;17(1):103-109.
For citation:
Amirkhanov B.S., Zholmagambetova B.R., Dzhomartova Sh.A., Shormanov T.S. BIOPYTHON ALGORITHMS. Herald of the Kazakh-British technical university. 2020;17(1):103-109. (In Russ.)
Просмотров:
398
Послать статью по эл. почте 