BIOPYTHON АЛГОРИТМДЕРІ
Аннотация
BioPython-дағы биоинформатика алгоритмдеріне шолу жасалды. Python-да мысалдары бар биоинформатика мен алгоритмдердің негізгі міндеттері қарастырылады: ДНҚ тізбегін өңдеу алгоритмі, заңдылықтарды іздеу, бірнеше тізбекті реттеу алгоритмі, филогенетикалық талдау алгоритмдері, де Брёйна графигі. Биологиялық тізбектің негізгі өңдеуі генді экспрессиялаумен байланысты процестерді, соның ішінде транскрипцияны, аударманы және ашық оқу шеңберлерін сәйкестендіруді көрсетеді. Сонымен қатар сан түрлі таңбалардың жиілігін есептеу мүмкіндігі зерттелді. Кейбір алгоритмдердің ықтимал күрделілігі анықталады, бұл осы алгоритмдердің маңыздылығын және ықтимал проблемаларды айқындайды. Сонымен қатар Марковтың жасырын модельдері, графикасы және биологиялық желілері қарастырылады.
Тірек сөздер
Авторлар туралы
Б. Амирханов
Институт информационных и вычислительных технологий КН МОН РК
Қазақстан
Қазақстан
Б. Жолмагамбетова
Евразийский Национальный университет им. Л.Н. Гумилева
Қазақстан
Қазақстан
Ш. Джомартова
Институт информационных и вычислительных технологий КН МОН РК; Казахский Национальный университет им. аль-Фараби
Қазақстан
Қазақстан
Т. Шорманов
Казахский Национальный университет им. аль-Фараби
Қазақстан
Қазақстан
Әдебиет тізімі
1. S.L. Salzberg, D.B. Searls, S. Kasif. Computational Methods in Molecular Biology. – Elsevier Science, 1998. – 368 c.
2. Cock P.J., Antao T., Chang J.T., Chapman B.A., Cox C.J., Dalke A., Friedberg I., Hamelryck T., Kauff F., Wilczynski B., de Hoon M.J. Biopython: freely available python tools for computational molecular biology and bioinformatics. – Bioinformatics, 2009.
3. Jeff Chang, Brad Chapman, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Michiel de Hoon, Peter Cock, Tiago Antao, Eric Talevich, Bartek Wilczyński. Biopython Tutorial and Cookbook. Last Update – 6 November 2019 (Biopython 1.75) http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html.
4. Miguel Rocha, Pedro G. Ferreira. Bioinformatics Algorithms. Design and Implementation in Python. – Academic Press is an imprint of Elsevier,2018. – 400 р.
5. B. Alberts, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, P. Walter. Molecular Biology of the Cell, 4th edition.– Garland Science, New York, USA, 2002.
6. S.Bassi,Python for bioinformatics,2th edition. – CHAPMAN & HALL/CRC,Mathematical and Computational Biology Series, 2017. – 424 р.
7. Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, David J. Lipman. Gapped blast and psi-blast: a new generation of protein database search programs, Nucleic Acids Research,1997.
8. R. Andersson, et al. An atlas of active enhancers across human cell types and tissues, Nature 507 (Mar 2014).–Р.455-461.
9. Lawrence R. Rabiner. A tutorial on hidden Markov models and selected applications in speech recognition // Proceedings of the IEEE, 1989.- Р. 257–286.
Рецензия
Дәйектеу үшін:
, , , BIOPYTHON АЛГОРИТМДЕРІ. Қазақстан-Британ техникалық университетінің хабаршысы. 2020;17(1):103-109.
For citation:
Amirkhanov B.S., Zholmagambetova B.R., Dzhomartova Sh.A., Shormanov T.S. BIOPYTHON ALGORITHMS. Herald of the Kazakh-British technical university. 2020;17(1):103-109. (In Russ.)
Қараулар:
399
Мақаланы эл. пошта арқылы жіберу 